母体排斥胚胎的原因，主要包括母体免疫系统功能异常、胚胎染色体异常、基因突变等。一般建议及时就诊，在医生指导下进行针对性治疗。

1、母体免疫系统功能异常：怀孕后，受精卵着床后形成的胚胎对于母体而言，是一个同种异体的移植物。正常情况下，怀孕后母体的免疫系统会对胚胎产生特异性的免疫抑制反应，出现免疫耐受现象，自动忽略这种移植物，此时母体并不会排斥胚胎，可以在母体内存活并继续发育。但由于各种原因导致母体免疫系统功能异常时，母体免疫功能相对亢进，对胚胎免疫耐受性下降，可能会产生针对胚胎或胎儿的异常免疫反应，从而产生母体排斥胚胎的现象，可表现为流产、胚胎停育等不良后果；

2、胚胎染色体异常：在胚胎形成的过程中，受精卵上所携带的染色体异常，可能会导致形成的胚胎携带异常染色体，对于母体来说，这种携带以常染色体的胚胎是一种异常的抗原物质，顺从优胜劣汰的自然法则，母体免疫系统会对劣质的胚胎产生免疫排斥反应，出现母体排斥胚胎的现象；

3、基因突变：胚胎形成过程中携带的染色体正常，但在发育过程中受到病毒感染或化学因素影响导致胚胎基因突变，形成劣质胚胎，母体免疫系统识别劣质胚胎后，便产生免疫排斥反应。